Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

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S

T

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V

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X

Z

_

~

- h -

• halt() : vg::ZipCodeTree::distance_iterator
• handle_at_order() : vg::IncrementalSubgraph
• handle_buffer() : vg::VcfBuffer
• handle_duplicate_paths() : vg::algorithms::GFAzParser
• HandleGraphNodeSet() : vg::HandleGraphNodeSet
• HandleGraphSnarlFinder() : vg::HandleGraphSnarlFinder
• haplo_DP() : haplo::haplo_DP
• haplo_DP_column() : haplo::haplo_DP_column
• haplo_DP_rectangle() : haplo::haplo_DP_rectangle
• Haplotype() : vg::PhasedGenome::Haplotype
• haplotype_to_string() : vg::VariantAdder
• haplotype_transcript_paths() : vg::Transcriptome
• HaplotypeIndexer() : vg::HaplotypeIndexer
• HaplotypeNode() : vg::PhasedGenome::HaplotypeNode
• HaplotypePartitioner() : vg::HaplotypePartitioner
• HaplotypesConfig() : HaplotypesConfig
• has_annotation() : vg::multipath_alignment_t
• has_argument() : vg::BaseOption< Value, Parser >, vg::OptionInterface, vg::OptionValueParser< Value >, vg::OptionValueParser< vector< Item > >
• has_base_graph() : vg::AugmentedGraph
• has_connection() : vg::subpath_t
• has_edge() : haplo::hDP_gbwt_graph_accessor< GBWTType >, vg::VG
• has_end() : vg::HaplotypePartitioner::Subchain, vg::Haplotypes::Subchain
• has_excluded_refpos() : vg::ReadFilter< Read >
• has_excuded_feature() : vg::ReadFilter< Read >
• has_fixed_fragment_length_distr() : vg::PairedEndMapper
• has_incorrect_order_exons() : vg::Transcriptome
• has_incremental_search() : haplo::GBWTScoreProvider< GBWTType >, haplo::ScoreProvider
• has_inverting_edge() : vg::VG
• has_inverting_edge_from() : vg::VG
• has_inverting_edge_to() : vg::VG
• has_inverting_edges() : vg::VG
• has_magic() : vg::algorithms::GFAzParser
• has_mapping() : vg::Paths
• has_next() : vg::BandedGlobalAligner< IntType >::AltTracebackStack, vg::subpath_t
• has_next_step() : vg::MemoizingGraph, vg::PathSubgraphOverlay, vg::VG
• has_node() : vg::DagifiedGraph, vg::DozeuPinningOverlay, vg::IdentityOverlay, vg::IncrementalSubgraph, vg::JoinedSpliceGraph, vg::MemoizingGraph, vg::NetGraph, vg::NullMaskingGraph, vg::PathSubgraph, vg::ReverseGraph, vg::SnarlGraph, vg::SourceSinkOverlay, vg::StrandSplitGraph, vg::SubgraphOverlay, vg::SubHandleGraph, vg::SubpathOverlay, vg::TreeSubgraph, vg::VG
• has_node_mapping() : vg::Paths
• has_novel_exon_boundaries() : vg::Transcriptome
• has_overlapping_exons() : vg::Transcriptome
• has_overlay_node_for() : vg::StrandSplitGraph
• has_path() : vg::MemoizingGraph, vg::Paths, vg::PathSubgraphOverlay, vg::subpath_t, vg::VG
• has_previous_step() : vg::MemoizingGraph, vg::PathSubgraphOverlay, vg::VG
• has_qualities() : vg::Packer
• has_recipe() : vg::IndexRegistry
• has_repeat() : vg::ReadFilter< Read >
• has_start() : vg::HaplotypePartitioner::Subchain, vg::Haplotypes::Subchain, vg::multipath_alignment_t
• has_supports() : vg::AugmentedGraph, vg::SupportAugmentedGraph
• has_tabix() : vg::VcfBuffer, vg::WindowedVcfBuffer
• has_translation() : vg::Translator
• hash() : vg::VG
• hashed() : vg::Colors, vg::Pictographs
• hashed_char() : vg::Pictographs
• hDP_gbwt_graph_accessor() : haplo::hDP_gbwt_graph_accessor< GBWTType >
• head_nodes() : vg::VG
• HitEdge() : vg::MEMClusterer::HitEdge
• HitGraph() : vg::MEMClusterer::HitGraph
• HitNode() : vg::MEMClusterer::HitNode
• hits() : vg::MinimizerMapper::Minimizer
• HTSAlignmentEmitter() : vg::HTSAlignmentEmitter
• HTSWriter() : vg::HTSWriter